1955年（昭和30年）頃、清里地区の未就学の子どもたちが清里聖アンデレ教会横の農村図書館の一女子職員に遊んでもらったり、童話を聞かせてもらったり、一緒に歌ったりしているうちに、いつのまにか30人～40人と増えてきて、連日にぎやかな明るい声がこだまするようになりました。そして、保護者からの強い希望に応えて、米国での募金活動が開始され、ついに1957年（昭和32年）待望の初代園舎が完成し、翌1958年には定員45名の認可を得て正式に保育事業がスタートしました。この募金活動に応じて高額寄付金を託された米国ミシガン州デトロイト市の聖ヨハネ教会の支援を憶えて、清里聖ヨハネ保育園と名付けられ、今日に至っています。

清里聖ヨハネ保育園では、キリスト教の精神を基として、いつでも神様の存在を近くに感じ、すべての命を尊び多様性を認め、他者と共に平和な社会を築いてゆく人になることを願い、「一人ひとりの子どもたちを祝福する保育」を保育目標に保育を進めています。現在は、豊かな自然環境を積極的に取り入れた保育に力を入れており、2015年の春には3代目となる新園舎が完成しました。

2022年4月1日より認定こども園に移行しました。

清里聖ヨハネ保育園は、北杜市内では最北に位置する私立認定こども園で、八ケ岳南麓標高1,300ｍの森と牧草地と渓谷などの豊かな自然環境に恵まれています。また、公益財団法人キープ協会の各部署やプロジェクトと連携し、また保護者の皆様や、地域の皆様とつながりながら、子どもも大人も育ちあえる場づくりに取り組んでいます。

清里聖ヨハネ保育所は、2022年4月に新設された(公財)キープ協会の事業所内保育所です。
清里聖ヨハネ保育園に隣接しており「一人ひとりの子どもたちを祝福する保育」を目標に、清里ヨハネ保育園とともに保育を行っていきます。
(公財)キープ協会の職員の子どもを中心に預かりますが、地域の子どもたちもご利用いただけます。